翻译组测序 Ribo seq

翻译组测序是指对与核糖体结合的正在翻译的RNA片段进行测序,来准确获取样本中所有可翻译分子(包括mRNA和其他潜在可翻译RNA分子如lncRNA, circRNA等)的信息与精确定量,是连接转录组与蛋白质组之间的桥梁。Ribo-seq (Ribosome profiling sequencing)是最常用的一种翻译组测序技术,该技术利用RNA酶消化细胞中的RNA,得到被核糖体保护的正在翻译的RNA片段(ribosome footprints, RFs),然后对这些RFs进行富集、测序与分析。翻译组测序可以研究细胞内基因翻译的水平、区域、速率等,结合转录组、小RNA测序、蛋白组等进行关联分析,可以更精确地研究转录后调控、翻译调控机制。
实验流程:

结果展示:

1. 标准信息分析

1) 原始数据过滤与测序质量评估

2) 比对去除核糖体RNA、tRNA、sRNA等

3) Reads长度分布统计与长度过滤

4) 比对参考基因组

5) 测序饱和度分析

6) RF在基因组上的分布统计与分类

7) 三碱基节律分析

8) 各长度RFs比对密码子分布

9) 翻译暂停分析

10) 翻译基因统计与表达量分析

11) 样本关系分析

12) 组间差异翻译基因分析

13) 差异翻译基因的GO/KEGG功能富集分析

14) GSEA

15) sORF鉴定、定量、注释

2. 高级信息分析(与转录组关联分析)

1) 基因翻译水平与转录水平比较

2) 翻译效率计算

3) 翻译效率与转录水平的关系分析

4) 差异翻译效率分析

5) 基因翻译效率差异与转录差异比较

6) uORF对翻译效率影响分析

3. 个性化定制分析

1) circRNA翻译分析

2) Small ORF(uORF/dORF, lncRNA等)翻译分析

3) 与蛋白质组的关联分析(需有蛋白质组数据)

4) 与m6A的关联分析