lncRNA测序

长链非编码RNA(long non coding RNA ,即:lncRNA)是一类长度在200 nt以上、无编码蛋白质功能的RNA分子,具有很强的物种、组织特异性。部分lncRNA含有ploy-A尾结构,具有类似于mRNA的长度、结构,因此在lncRNA测序中通常包含mRNA的序列信息。lncRNA调控方式多样且广泛存在于各类动植物细胞中,可以通过参与染色体结构形成以及与转录因子、蛋白质、RNA前体、miRNA结合等多种方式调节各类生物学分子的功能。lncRNA具有转录调控、转录后调控、染色质重塑和修饰(一般是LncRNA与蛋白质结合,招募修饰复合物到特定位点,改变DNA/RNA甲基化状态,染色体结构和修饰状态发生改变,进而调控相关基因的表达)、编码多肽、信号转导调控、组织发育调控、疾病调控等等。目前文章中常见的lncRNA研究方向有:调控mRNA表达、ceRNA网络机制、发生m6A修饰从而参与翻译调控作用等。

目前,已从单细胞真核生物以及人类中鉴定出数以万计的lncRNA基因座,并依据其相对于蛋白质编码基因的相对位置,将其分为以下5类。

(1)基因间lncRNA(intergenic lncRNA,lincRNA):从两个蛋白质编码基因之间的DNA序列转录;

(2)内含子lncRNA(intronic lncRNA):从蛋白质编码基因的内含子转录;

(3)正义lncRNA(sense lncRNA):转录方向与蛋白质编码基因方向相同;

(4)反义lncRNA(antisense lncRNA):转录方向与蛋白质编码基因方向相反;

(5)双向lncRNA(bidirectional lncRNA):与蛋白质编码基因共享相同的启动子,但转录方向相反。

分类图例如下:

实验思路:

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